火箭队在游戏中的关都地区与城都地区出现。
关都地区
在《红／绿／蓝／皮卡丘》和《火红／叶绿》中主角第一次知道火箭队是在月见山附近的公示版上提到月见山附近有火箭队出没。
第一次遇见是在月见山内，有火箭队员出没，但没大的行动。
第二次遇到是在华蓝市被盗的民房后面，和主角对战后逃离。
第三次相遇是在玉虹市的玉虹游戏城，一位队员正在看的海报后面隐藏着开启火箭队本部的开关，在指挥部，主角会首次见到火箭队老大坂木，并和他对战。
第四次遇到是在紫苑镇的宝可梦的灵骨塔上，火箭队员们杀害了一只阻止他们偷猎卡拉卡拉的一位卡拉卡拉的母亲嘎啦嘎啦，并在塔顶挟持了想要阻止他们的富士老人。
第五次是和火箭队在关都的最后决战，金黄市遭到了火箭队占领，大街上都是火箭队手下，主角必须消灭所有其它地方的火箭队手下才能进入他们在金黄市的总部西尔佛公司，击败底下所有队员到达顶层与火箭队的老大坂木进行第二次战斗。
最后一次和坂木相见是在常青道馆，和他对战完获得绿色徽章，他便消失了，再也无法找到。
七之岛
在《火红／叶绿》中，火箭队的一个分支队伍在时间之岛的第5岛空地上建立了一个火箭队仓库并绑架了许多宝可梦。当主角击败这里的两名干部之后，他们终于意识到关都地区的火箭队的大部队已被击败，位于这里的火箭队也是无路可逃，因此他们也逃散四处再也没有现身了。
城都地区
在《金／银》和《心金／魂银》中，火箭队与主角的首次相遇是在呆呆兽之井，他们正在割呆呆兽的尾巴拿去出售。在这里，主角会和火箭队四干部之一兰斯相遇。
第二次遇见火箭队是在卡吉镇，主角需要解决愤怒之湖的红色暴鲤龙事件。在这个过程中，主角会在卡吉镇的火箭队本部里遇见雅典娜和拉姆达。
第三次是火箭队占领了满金市收讯塔，并利用广播系统呼唤他们的老大坂木。主角会化妆成火箭队手下进入收讯塔，但伪装被小银拆穿，之后就改变计划为硬闯。在这次对战中，会与火箭队的四个干部：兰斯、拉姆达、雅典娜与阿波罗相遇。之后，火箭队再次解散。
在登入名人堂之后的剧情中，主角在华蓝市华蓝道馆发现一个火箭队手下偷走的机械零件。随后，在24号道路会与他进行对战。对战后主角发现这个火箭队手下是一个外国人。《黑／白》中，这个火箭队手下来到了雪花市。
在《心金／魂银》，把电影院的时拉比带到桐树林中，才能在接下来见到坂木。主角穿越时空得知小银是他的儿子，之后又会穿越到火箭队控制满金市收讯塔之时与他进行对战。
动画中
精灵宝可梦超级愿望中的火箭队本部
主要活动地区同为关都与城都，橘子群岛、丰缘地区与神奥地区则是坂木派遣武藏、小次郎和喵喵等火箭队三人组前往，但没特别指望他们能成功。有时候亚马多和小三郎也会出现，但是也是失败居多。
合众地区则是火箭队新的压制目标，火箭队三人组也不像前几作是搞笑角色，而是属塞格博士指挥，在合众做坏事。原本应是合众地区的邪恶组织等离子队，因预定初登场的两集火箭队vs等离子队！（前篇）未播出，登场被大大延后，因此小智一行人在合众地区的主要邪恶组织仍是火箭队。等离子队出场后研制了操纵宝可梦的机器，火箭队企图盗走其操纵技术。最后，等离子队用光明石召唤出莱希拉姆并控制了它及其它宝可梦。小智历经苦战并在n、国际刑警帅哥、火箭队三人组的帮助下打败等离子队后，等离子队主要成员被捕，这之后火箭队三人组也变回了以前的状态。
火箭队在超级愿望中的黑色制服
在超级愿望第二季，火箭队实施了“暴风雨计划”。坂木亲自出马，带领火箭队将美洛耶塔带到海底遗迹，召唤出雷电云、龙卷云、土地云，用现形镜将三圣云转化为灵兽形态并将其控制，计划用它们统治合众地区。三神云与闻讯赶来的神奥地区冠军竹兰、世代守护美洛耶塔的拉里，以及与美洛耶塔一同被挟持到海底遗迹的小智战斗。最后，皮卡丘吸取了雷电云的电气攻击使出超巨能电球，击中坂木，使其失控并准备毁灭合众地区。火箭三人组见状扑倒坂木使其恢复正常，火箭队全体撤回关都地区本部。小智等人通过现形镜使三圣云恢复为化身形态，本次事件终于平息。事后，拉里和美洛耶塔乘坐泥偶巨人离开。
在精灵宝可梦xy中，除了火箭队三人组，在卡洛斯地区没有出现其他的火箭队成员，坂木也似乎没有要在卡洛斯地区展开什么行动。